由于扁桃体是一个免疫器官，它的免疫机能在幼儿期是相当活跃的，在5岁之前上呼吸道的防御机能大部分是由扁桃体完成的。然而，扁桃体的免疫功能在反复发炎的情况下是受影响的，它可以由一个免疫器官变成一个病灶。扁桃体并不光滑，它有很多个深浅不一的隐窝，极易成为细菌的“温床”，如果扁桃体反复发炎可使其免疫球蛋白细胞数量减少，从而再度感染，陷入恶性循环，治疗起来也比较棘手。在慢性扁桃体炎经非手术治疗无效，或成为其它脏器疾病的病灶时，建议做扁桃体手术切除。手术切除扁桃体的指征有：1、反复发作的急性扁桃体炎，每年发作在5-6次以上，影响学习与工作；2、有扁桃体周围脓肿史；3、有其他系统并发症；4、因扁桃体肥大引起的打鼾，影响呼吸、吞咽和导致语言障碍者。