卵巢是子宫内膜异位症最常见的部位。卵巢发生了子宫内膜种植后，除卵巢表面及其皮层中可出现紫褐色斑点和小泡外，在卵巢内的异位组织中还可因为在月经期中 反复出血而又不能排出，从而形成单个或多个的囊肿，即子宫内膜异位囊肿。由于囊肿内含有暗褐色粘糊状陈旧血，酷似溶化的巧克力，故一般都将其称为“巧克力囊肿”。巧克力囊肿自小而大，最大直径可达25厘米。受卵巢激素的影响，囊肿中的异位子宫内膜组织也发生周期性的出血，如此反复，囊腔内的压力过高，囊壁可出现小裂隙并有微量的血液渗出，但裂隙随即被渗出物引起的腹膜局部炎症反应和组织纤维化所愈合，久之与周围的肠管、子宫及子宫旁组织紧密粘连，使囊肿固定在盆腔内，不能活动。因此与周围组织紧紧粘连在一起是巧克力囊肿的特点之一。
巧克力囊肿的这种致密粘连、可活动性差需与恶性卵巢肿瘤相区别。巧克力囊肿患者常有月经量多、痛经、肛门坠胀等症状，病程长、病人的一般情况好，妇科检查尤其是三合诊时，子宫骶骨韧带及子宫直肠窝内可触及痛性结节，检查时患者疼痛难忍；而卵巢癌患者的一般情况较差，病程短，子宫直肠窝也可触及不规则结节，但一般痛感不重，当然，两者之间有时仅靠盆腔检查确实不易区别，最后可能需要经过腹腔镜检查，并行囊肿穿刺才能确诊。
需强调的是，卵巢巧克力囊肿的巧克力样囊内液一般都比较浓稠，若是囊内液为较稀的巧克力样液，则要提高警惕，这种情况往往是卵巢肿瘤出血或巧克力囊肿恶变的表现。另外，由于囊肿与周围组织粘连，巧克力囊肿几乎不会发生蒂扭转，但它却容易发生另外一种并发症，这就是“巧克力囊肿破裂”。